มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย ก่อตั้งขึ้นโดยพระบรมราโองการในพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ ๕ ในปี พ.ศ. ๒๔๓๖ เพื่อเป็นสถานศึกษาสำหรับพระภิกษุสามเณร และทรงพระราชทานนามว่า มหามกุฏราชวิทยาลัย และในปี พ.ศ. ๒๔๘๘ สมเด็จพระสังฆราชเจ้า กรมหลวงวชิรญาณวงศ์ (ม.ร.ว.ชื่น นภวงศ์) นายกกรรมการมหามกุฏราชวิทยาลัยในขณะนั้น ทรงประกาศจัดตั้งสถาบันการศึกษาชั้นสูงทางพระพุทธศาสนาขึ้นในรูปมหาวิทยาลัย ประทานชื่อว่า สภาการศึกษามหามกุฏราชวิทยาลัย มหาวิทยาลัยพระพุทธศาสนาแห่งประเทศไทย เปิดทำการเรียนการสอนสำหรับพระภิกษุสามเณรในระดับปริญญาตรีตั้งแต่วันที่ ๑๖ กันยายน พุทธศักราช ๒๔๘๙ เป็นต้นมา
ต่อมาในปี พ.ศ. ๒๕๔๐ ได้มีพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย พุทธศักราช ๒๕๔๐ มีสถานภาพเป็นมหาวิทยาลัยของรัฐที่เป็นนิติบุคคล (มหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ) จัดการเรียนการสอนสำหรับพระภิกษุสามเณร และเปิดรับคฤหัสถ์เข้าศึกษาตั้งแต่ปีการศึกษา ๒๕๔๒ เป็นต้นมา
มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย มีอธิการบดีบังคับบัญชาและบริหารมหาวิทยาลัยมาแล้ว ๖ รูป คือ
